Osirixで医療用データから3Dモデルを取り出す

Created Date: 2016-04-27/ updated date: 2018-03-13
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    フリーでも使えるDICOMビューワOsirix(おざいりくす)を使って、医療用のCT・MRIなどのデータから3Dモデルを取り出します(未完)。

    Materials

      Tools

        Blueprints

          Making

          • あらかじめ、Osirix Liteをダウンロードしておきます。

            Osirix Liteを立ち上げ、左上の「読み込み」をクリックし、
            先ほど保存したデータ内の「IMAGES」フォルダ自体を選択して「開く」を押してください。
            • 「リンクをコピー」
              → その都度PC内の画像がある場所へアクセス。
                フォルダの位置が変わると読み込めなくなる(右の画像)。

              「ファイルをコピー」
              → 画像を丸ごとOsirix Liteに読み込む。
            • 読み込みが成功するとこのような画面になります。

              右下の画像の上でスクロールすると断面を変更できます。また、左クリックしながらドラッグすることでコントラストを変更することなどが可能です。
          • ここでは、[3Dビューア]内の[3Dサーフェスレンダリング]を選んだ際の操作を説明します。
            • [3Dサーフェスレンダリング]を選択すると、画像のような設定画面が現れます。

              以下の設定を任意で変更したのち、[OK]を押すと3Dのサーフェスモデルが生成されます。
            • 解像度:3Dモデルの解像度を設定します。

              - 間引き処理:数値が大きいほどメッシュが減ります。 
              - 平滑化:回数が多いほど滑らかなモデルになります。
            • デフォルトで第1サーフェスにチェックが入っています。

              [ピクセル値]を調整することで、取り出す形状が変化します(しきい値のようなもの?)。

              プルダウンメニューから皮膚や骨を選ぶと、その部分が3Dモデルとして取り出されます。
            • 任意で第2サーフェスを設定することもできます。

              なお、第1・第2サーフェスともに色と透明度を設定することができます。画像は皮膚のサーフェスをオレンジ色にし、透明度を50%ほどに設定したものと、白い骨のサーフェスを重ねたものです。


            • 上部の歯車アイコン[3D-SR書き出し]をクリックすると、現在のモデルを3Dデータとして出力することができます。

              .rib / .vrml / .iv / .obj / .stl の5種類から、任意の拡張子を選んで書き出しましょう。
            •  上部メニュー[サーフェス設定]をクリックすると、最初から設定を変更することができます。
          • ここでは、[3Dビューア]内の[3Dボリュームレンダリング]を選んだ際の操作を説明します。
            • [3Dボリュームレンダリング]を選択すると、自動で右のような画面に移行します。

              マウスの左右クリック + ドラッグでモデルの回転・拡大などが可能です。
            • [裁断]を押すとモデルの上下左右前後に緑の制御点が現れ、ドラッグすることで任意の断面を抽出することができます。
            • このような具合で裁断でき、自由な位置で断面を覗くことができる。
            • たとえば心臓の部分だけを裁断で抽出してみた。

              その後、[DICOM形式での書き出し]を行ったが、そのデータからサーフェスモデルを生成することはできなかった。
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